Cụ thể, BQL Ngọc Linh chịu trách nhiệm về việc không thực hiện đăng ký biến động đất đai, chỉnh lý trên giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với diện tích đất thu hồi; Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Kon Tum chịu trách nhiệm về việc lập, tham mưu cho lãnh đạo Sở Tài nguyên và môi trường ký 42 trang bổ sung trên cơ sở của bản đồ quy hoạch 3 loại rừng nhưng không nằm trong hệ thống bản đồ quản lý đất đai trên địa bàn tỉnh, không đúng quy định.
Ngoài ra, UBND huyện Đăk Glei cấp sổ đỏ đối với diện tích 227,2 ha đất cho các hộ gia đình, cá nhân là không đảm bảo quy định, không đúng với thiết kế kỹ thuật - dự toán xây dựng hệ thống hồ sơ địa chính và cơ sở dữ liệu đất đai huyện Đăk Glei.
Trước đó, Sở Tài nguyên và môi trường tỉnh Kon Tum có kết luận thanh tra việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (sổ đỏ) bị chồng lấn trên lâm phần của BQL Ngọc Linh.
Cụ thể, BQL Ngọc Linh quản lý 41.547 ha đất lâm nghiệp trên địa bàn huyện Đăk Glei. Năm 2006, UBND tỉnh Kon Tum cấp 42 sổ đỏ cho BQL Ngọc Linh với tổng diện tích 38.911 ha (36.260 ha đất có rừng).
Từ năm 2010 - 2019, UBND tỉnh Kon Tum nhiều lần ra quyết định thu hồi tổng cộng 633 ha của BQL Ngọc Linh để thực hiện các dự án thuỷ điện, công trình quốc phòng, đường giao thông. Tuy nhiên, BQL Ngọc Linh lại không phối hợp với các cơ quan liên quan.
Đến năm 2013, UBND tỉnh Kon Tum ban hành quyết định phê duyệt điều chỉnh Dự án tổng thể xây dựng hệ thống hồ sơ địa chính và cơ sở dữ liệu quản lý đất đai tỉnh Kon Tum. Sở Tài nguyên và môi trường (TN&MT) tỉnh Kon Tum và các đơn vị liên quan đã cấp sổ đỏ, lập hồ sơ địa chính trên địa bàn 5 xã của huyện Đăk Glei với diện tích 4.236 ha.
Khi đo đạc, lập bản đồ địa chính, các đơn vị tư vấn không liên hệ với BQL Ngọc Linh xác định ranh giới sử dụng đất dẫn đến việc (đo đạc) chồng lấn lên lâm phần của khu bảo tồn này. Điều này dẫn đến 758 thửa đất với diện tích 227,2 ha đã cấp sổ đỏ cho các hộ dân bị chồng lấn trên lâm phần quản lý của BQL Ngọc Linh.
