Bộ phim nào cũng cần nhiều tình tiết bất ngờ để tạo kịch tính, để các nhân vật mâu thuẫn, hiểu lầm rồi sau đó mới dần gỡ bỏ những khúc mắc. Mùa Hè Năm Ấy cũng vậy, rất cần một chi tiết mang tính bước ngoặt để chuyện tình trong trẻo của Khánh và Phương dừng lại, mỗi người mang những tổn thương riêng để 10 năm sau, khi tái ngộ thì họ mới có dịp thổ lộ nỗi lòng và chữa lành chuyện năm xưa.
Những tưởng biên kịch sẽ tạo ra một bi kịch đủ lớn để thay đổi tình hình nhưng cũng phải tự nhiên, thuyết phục được người xem thì mọi thứ trên phim diễn ra khác hẳn. Nhóm giang hồ của Long vì có mâu thuẫn với Khánh, nên đã bắt cóc cậu bạn Hoàng để uy hiếp. Khánh một mình đi tới điểm hẹn để cứu bạn, hai bên xảy ra xô xát, Phương đã cầm gậy đập vào người Long nhằm giải vây cho Khánh. Chẳng ngờ Long ngã đập đầu vào đá, còn Phương cũng mất đà ngã theo. Sau đó, Khánh đã khai với cơ quan công an rằng tự mình gây ra mọi chuyện, trực tiếp gây ra cú ngã của Long còn Phương vô can.
Đến ngày Phương lên đường du học, Khánh rất muốn tiễn cô ra sân bay nhưng đúng lúc công an tới đọc lệnh bắt giam. Kết quả là Khánh đi tù, còn Phương rời đi với bao ấm ức, hiểu lầm Khánh và đến tận sau này, cô vẫn rất giận Khánh. Cú twist bị khán giả chê là vô lý, gượng ép vì biên kịch cố phải tạo tình huống để Khánh vướng vòng lao lý còn Phương lại ngây thơ không biết chuyện gì.
Netizen cho rằng cơ quan điều tra hoàn toàn tìm ra sự thật sau khi hỏi những người có mặt trong vụ việc, không thể nào nghe lời khai của mình Khánh là đã kết án. Chưa kể nhiều người còn thấy tình tiết này quá giống Phía Bên Kia Thành Phố. Cũng có bối cảnh nhóm bạn học sinh, cũng mâu thuẫn xô xát rồi một nhân vật bị ngã trúng tảng đá và là nguồn cơn cho bao nhiêu biến cố sau này.
