Biệt Đội Tí Hon kể về Út Cưng, một cô nàng tí hon có tính cách năng động, “ham người” và ưa giúp đỡ. Tuy nhiên, cả gia tộc Truyền thống nhà Út Cưng Elfie cho rằng cô bé nên ngoan ngoãn và lớn lên theo khuôn phép của một tí hon “thực thụ”. Chính vì sự “gia trưởng” đó và những công việc cứ lặp lại hàng ngày, Út Cưng luôn cảm thấy lạc lõng, nhàm chán trong chính ngôi nhà của mình.
Sự xuất hiện của Tí Khờ đã phá vỡ mọi thứ, cô nàng phát hiện ở ngoài thế giới to lớn kia vẫn còn các tí hon khác Họ có nhiều kỹ thuật tiên tiến, công nghệ cao bỏ xa gia tộc “lành nghề” của cô.
Về phía gia tộc Truyền Thống, người đứng đầu là Tí Bà đầy nghiêm khắc nhưng thương con cháu, có cô nàng Út Cưng lạc quan và lần lượt là Tí Hạt Nhài hay kể chuyện cười nhưng không ai cười, Tí Ô Vờ Linh Tinh biết suy nghĩ cho bạn bè, Tí Bảnh hoạt ngôn, hai nhóc tì nhỏ nhất nhà Tí Nị và Tí Nụ, Tí Dịu thì dịu dàng, Tí Đô vạm vỡ rám nắng, Tí Síp - Pơ tháo vác, thạo việc, Tí Thợ May yêu may vá. Tất cả các nhân vật đều có tạo hình vô cùng dễ thương với chiếc mũ đỏ đặc trưng, quần áo giản dị phối hợp cùng tạp dề nhỏ nhắn.
Đối trọng với những thợ thủ công điêu luyện là Biệt đội Tân Tiến có người bạn tên Bo với biệt danh là Tí Khờ dễ ngại và nhút nhát, Tí Gia Trưởng cố chấp với quyết định của mình, Tí Công Nghệ giỏi giang với các sáng chế độc lạ và Tí Ngầu thích thể hiện.
Mỗi biệt đội sẽ có mỗi cách sống khác nhau. Nếu gia tộc Truyền Thống luôn ẩn mình trong bóng tối, giúp con người hoàn thành các công việc dở dang, thì đội Tân Tiến hiện đại lại sống nhờ vào việc “mượn đồ” từ loài người. Mối quan hệ giữa hai biệt đội vô cùng phức tạp bởi một mối thù xưa cũ. Chính vì vậy mà Tí Khờ và Út Cưng đã bị phản đối kịch liệt khi kết bạn.
Trong quá trình tìm kiếm một nơi mình thuộc về, Út Cưng quyết tâm gia nhập băng Tân Tiến. Ngoài việc hoà nhập, học hỏi thêm nhiều kỹ năng leo trèo, trộm cắp, bay nhảy thì việc bất đồng “chí hướng” giữa cô nàng và băng Tân Tiến cũng khiến Út Cưng phải hoang mang. Liệu cô có mải mê chạy theo niềm vui mà quên đi ước mơ trở thành một tí hon vĩ đại của mình?
Bên cạnh mối thù giữa hai gia tộc, Út Cưng và Tí Khờ còn phải đối mặt với sự rượt đuổi của Sen Bất Hạnh - Nữ cảnh sát kiên cường, tham vọng và Mèo Nhang Nhồ - một chú mèo nghiệp vụ ngoài cứng trong mềm. Cặp bài trùng này luôn truy tìm các dấu vết và ám ảnh với việc chứng minh người tí hon có tồn tại trên đời. Phía sau sự cố chấp đó là những bí mật gì? Tại sao họ lại biết đến sự tồn tại của tí hon? Phải chăng họ có một mối thù sâu đậm nào đó?
Biệt Đội Tí Hon là một bộ phim hoạt hình kỳ thú, vui nhộn với những phi vụ mạo hiểm, mãn nhãn. Thông qua đó truyền tải những thông điệp về tình bạn chấp nhận sự khác biệt và đoàn kết vượt qua mọi thử thách của những người tí hon.